Besorg Dir einen SSH-Client, z.B. Putty. (googeln)
Ist für Windows frei und kostenlos verfügbar.
Damit loggst Du dich als root auf deinen Server ein. Die Übertrageung ist verschlüsselt, kann also keiner mitlesen. Vorraussetzung, auf deinem Server läuft OpenSSH, ist auch kostenlos, und wahrscheinlich schon installiert.
Da du mit Linux wohl wenig Erfahrung hast, tippste dann, nach erfolgreichem Login am besten "mc" ohne Anführungszeichen ein. Wenn du NortonCommander kennst, kommst du damit klar. Damit kannst du auch Datei- und Verzeichnisrechte bearbeiten (chmod und chown) und Dateien editieren.
Wenn dein Proftpd standallone läuft, mußt du Ihn nach jeder Änderung in der /etc/pfoftpd.conf neu starten.
Das geht mit "rcproftpd restart"
Wenn inetd, brauchst du nichts zu tun außer eine neue Verbindung per FTP zum Server herzustellen.
Linux hat übrigens wenig mit windoof zu tun. In der Regel gibt's da keine ini Dateien. Viele conf sehen aber genau so aus. Das nur, damit Du nicht mal irgendwann gesteinigt wirst.
Wenn ich Blödsinn geschrieben hab, bitte korrigiert mich bitte.
Im Übrigen bleib ich dabei, Webmin hat seine Vorzüge. Ich sitz aber auch lieber an der Console.