Für die Bedienung und Arbeit am X-Window-System wird ein Window-Manager benötigt. Er kümmert sich in erster Linie darum, wie die Programmfenster am Bildschirm dargestellt und bedient werden. Er stattet die Fenster mit einer Titelleiste und Schaltflächen (Buttons, Menüs etc) aus und hilft bei deren Verwaltung (Verschieben, Größe ändern, Verkleinern zu Icon, Programmwechsel). Daneben stellen die meisten Windowmanager Menüs für die gängigen Programme bereit.
Diese elementaren Funktionen werden nicht vom X-Window-System zur Verfügung gestellt. Der Vorteil dieser Methode ist die große Flexibilität bei der Gestaltung der Oberfläche und damit der Benutzerschnittstelle. Das hat aber auch den Nachteil, daß jeder Anwender einen anderen Windowmanager benutzt und damit keine einheitliche Oberfläche existiert. Ein Problem, daß vor allem die Anfänger betrifft.
Die aktuelle SuSE-Distribution startet automatisch das X-Window-System für die graphische Anmeldung. Wird das System mit der Textkonsole gestartet, kann von der Textkonsole aus das X-Window-System mit dem Befehl startx gestartet werden.
Sollte das X-Window-System sich aufhängen, kann es mit der Tastenkombination STRG + ALT + BACKSPACE beendet werden.